解決方案

Case study

De novo human genome assemblies reveal spectrum of alternative haplotypes in diverse populations

  人類全基因參考序列是極為有用的分析工具,自從2000年後參考序列一直都在用不同技術在補齊參考序列的空缺,這些空缺多數來自於重複序列,這些重複序列需要從更長的定序工具來補足,10X Genomics技術在此方面貢獻了不少研究成果,本篇研究利用14 1000GP個體、5 非洲人、3美洲人、4東亞人、3歐洲人及2個南亞人的10X Genomics linked-Reads 找出許多未曾發現過的參考序列空缺,在此這些定序出來的區間被作者稱為non-reference unique Insertions(NUI)。

  這些NUI 散落在人類參考序列中,其中不同族群所帶有的NUI數量也有差距,如同作者預期非洲族群攜帶的NUI數量最大,PCA中也看到NUI具有族群特異的分佈。

  進一步研究學者討論NUI的轉錄潛力,根據dbEST及高品質RNAseq數據,他們分析出這些NUIs其實具有轉錄潛力。

結論

  10X genomics linked-reads提供了很好的基因體研究工具,找出許多過去無法偵測的區域,在本篇研究中,作者提供了族群間差異的關鍵證據,而目前參考序列多為歐美人種序列的研究為主,事實上有許多研究也支持族群相符(ethnicity-mathed)的參考序列可以增進分析的精準性,因此加入這些找出UNIs進入參考序列可以更繪製出更公正及更多元的人類基因體序列。

Wong, Karen HY, Michal Levy-Sakin, and Pui-Yan Kwok. "De novo human genome assemblies reveal spectrum of alternative haplotypes in diverse populations." Nature communications 9.1 (2018): 3040.